"멸망의 때는 확실히 다가오고 있어. 멈추는 건 불가능해"
죽음을 알고, 죽음을 응시하고, 죽음과 마주한다. 여러가지 만남과 이별을 반복하여, 그 때마다 성장을 해 온 유키 마코토와 동료들. 그 싸움은, 세계를 위한 것이 아니라 자기 자신을 위한 것이었을지도 모른다. 그런데도 싸움의 끝에 평온한 나날이 있을 거라고 믿고 그들은 싸움을 계속해 왔다. 그러나, 멸망은 인류가 짊어져야 할 운명이라고 소년은 말한다. 친구라고 믿고 있었던 소년이, 무정하게도 현실을 일깨운다. 계절은 겨울로. 그 끝에 있는 봄을 맞이하기 위해, 마코토가 내리는 결단은-.

"왠지 모르게 알 것 같아- 너는 잃는 것을 두려워하고 있구나?"
계절은 가을로. 이형의 괴물 "쉐도우"와 주인공・유키 마코토를 필두로 한 특별과외활동부의 싸움도 끝이 가까워지고 있었다. "쉐도 타임"을 끝내기 위하여 "쉐도우"와의 사투를 되풀이 하는 특별과외활동부. 싸움을 통해, 어떤 사람은 동료나 가족의 죽음과 마주하게 되고, 어떤 사람은 지켜야 할 소중한 것을 깨닫게 되고, 또한 어떤 사람은 자신들의 이제까지의 싸움의 의미에 갈등한다. 그리고, 마코토의 앞에는 수수께끼의 전학생・모치즈키 료지가 나타난다-. 새로운 아침을 맞이하였을 때, 다시 한번 운명의 수레바퀴는 돌기 시작한다. 각자의 인연을 둘러싼 싸움이 시작된다-.