마스터는 일곱 서번트 중 하나와 계약하여 성배를 갈구하며 최후의 한 팀이 될 때까지 싸워나간다. 그것이 바로 【성배전쟁】 그 다섯 번째 싸움이 지금 시작되려 한다.

「Fate/Zero」에서 정복왕 이스칸다르와 함께 제4차 성배전쟁에 뛰어든 소년, 웨이버 벨벳. 시간은 흘러 웨이버는 로드 엘멜로이의 이름을 이어받아 로드 엘멜로이 2세가 되었다. 그리고 마술 협회의 본부인 '시계탑'에서 신기한 사건들과 맞닥뜨리는데....